生态系除了具有能量流动和物质循环的功能外，
还具有自我调节作用，
即生态系有保持期自身相对平衡的功能。
这主要表现在两个方面：一是自净作用，二是群落演替。
1、自净作用
在自然条件下，
进入大气的污染物（烟尘、硫氢化物等），
或向广阔的空间扩散、稀释，浓度因而大大降低；
或受重力作用沉降于地面；
或被雨水冲洗返回大地；
或被分解为无害的物质，从而使空气得以净化。
绿色植物的光合作用对大气的净化有极为重要的作用。
又如，水体遭受污染时，
可以通过本身的稀释、沉淀、吸附、酸碱反应和氧化还原反应，
使污染物减少甚至消失，
还可以通过水生绿色植物的光合作用和微生物的分解作用使水体得到净化。
由此可知，自净作用是能量流动和物质循环的另一种形式，
是保持生态平衡不可缺少的自动调节器。
2、群落演替
生物群落是一个运动者的体系。
当某一地段或区域里的群落因火山爆发、洪水泛滥、干旱等原因被破坏或毁灭后，
在该地段上首先会出现先锋植物，
接着，在一系列发展阶段中会演替出现系列群落，
最后出现顶级群落，
并达到相对稳定。
像这样在一定地段上，群落由一个类型有顺序地向另一个类型演变的过程称为
群落演替（communitysuccession）。